Natürliche Feinde der Fledermaus
Da Fledermäuse ein Alter von 20 Jahren erreichen können, fällt das frühzeitige Sterben der Tiere entsprechend ins Gewicht. Oft versuchen sie, sich durch ausweichendes Verhalten vor dem Feind in Sicherheit zu bringen. Im Lauf der Jahrtausende hat sich jedoch zwischen Raubtieren und Beute eine Art Gleichgewicht eingestellt, welches das Überleben der Arten sichert. Dieses Gleichgewicht wird mit einem intakten Lebensraum mit genügend Quartieren erhalten.
Parasiten
Man geht davon aus, dass der Befall durch Viren und Bakterien eine große Rolle für ein frühzeitiges Ableben der Tiere spielt. Ohne eine genaue Untersuchung der toten Tiere ist ein Befall aber nicht nachweisbar. Daher ist wenig darüber bekannt. Fledermäuse können Träger von Tollwut sein und haben auch häufig Flöhe und Milben. Deshalb wechseln sie ihr Quartier auch während der Aufzuchtphase ihrer Jungen. Das senkt den Parasitenbefall und hilft ihnen, sich vor Angreifern wie Marder oder Eulen zu schützen.
Fleischfressende Raubtiere
Der Waldkauz erbeutet die Tiere beim Abflug aus ihrer Höhle, im schnellen Flug erlegt er sie eher selten. Wenn man das vermeiden möchte, ist es günstiger, die Nistkästen in einiger Entfernung zum Wald anzubringen, da der Waldkauz am Waldrand jagt. Ein weiterer Feind ist der Marder. Er klettert auf jeden Baum und kann jede Höhle nahezu problemlos erreichen. Das Einzige, was ihn abhält, sind kleine Höhleneingänge. Manche Marder angeln auch mit den Pfoten nach den Tieren. Gute Fledermauskästen sind daher so konstruiert, dass dies nicht möglich ist.
Konkurrenten
Werden die Ressourcen knapp, werden auch manche Tierarten zu Feinden, die sonst gut miteinander auskommen würden. Da z.B. Höhlen eher knapp bemessen sind, konkurrieren Fledermäuse hier mit Meisen, Kleibern, Eichhörnchen, Staren, Spechten, Dohlen etc. aber auch mit Waldkäuzen, Wespen, Hummeln und Hornissen. Da Meisen die Fledermäuse oft vertreiben und Höhlen nur selten gemeinsam genutzt werden, macht es Sinn, neben den Fledermauskästen auch Meisenkästen zu platzieren.